Ngày 1/1/2018, Công ty A đăng ký tờ khai nhập khẩu khai báo nợ C/O mẫu D trên tờ khai hải quan. Ngày 1/3/2018, Công ty A nộp bổ sung C/O mẫu D và đăng ký tờ khai bổ sung sau thông quan AMA để được áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt. Cơ quan hải quan sẽ xử lý C/O như thế nào?